Instrucciones
Usted tiene las siguientes opciones en este simulador para moléculas pequeñas tanto inorgánicas como orgánicas.
- En la parte superior, aparecen los botones 2D y 3D para que pueda observar el modelo en dos o tres dimensiones.
- A continuación se presenta el modelo en dos o tres dimensiones.
- "Search" puede ser utilizado para buscar alguna molécula, escribiendo el nombre en inglés, por ejemplo al escribir, sulphuric acid (ácido sulfúrico).
- Color de fondo, sirve seleccionar el color del fondo del modelo en tres dimensiones.
- Acercar +, acerca el modelo.
- Acercar -, aleja el modelo.
- Girar X, Y, Z, para girar el modelo en tres dimensiones en los ejes x, y, z.
- Alambres, varillas y pelotas y varillas, para cambiar el modelo en tres dimensiones en esas representaciones.
- Energía, aparce en la parte superior la energía de la molécula en kJ/mol o kcal/mol.
- Minmizar por MMFF94, normalmente las estructuras iniciales que se crean en los simuladores poseen energías mucho mayores a las que tendría un objeto real, por esta razón, se utilizan algoritmos para calcular las posiciones y fuerzas originales, con el objetivo de minimizarlas y que sean más realistas.
- Arrastrar Minimizar, usted puede arrastrar un átomo, soltarlo y entonces el sistema hace un cálculo de minimización de energía.
- Simetría, muestra los planos de simetría en la molécula.
- Editar, puede editar la molécula agragando o quitando átomos y enlaces.
- Superficie VDW, la superficie de van der Waals de una molécula es una representación abstracta o modelo de esa molécula, que ilustra dónde, en términos muy generales, podría haber una superficie para la molécula en función de los cortes duros de los radios de van der Waals para átomos individuales, y representa una superficie a través de la cual la molécula podría concebirse interactuando con otras moléculas.
- PEM es el mapa de potencial electrostático.
- Tetraedros, para el caso que exista alguna átomo tetraédrico.
- Dipolos enlaces, para ver el los dipolos de todos los enlaces.
- Dipolo molecular, para ver el momento dipolar resultante de toda la molécula.
- Hibridación sp, sp2 y sp3, para ver la hibridacion del átomo de carbono.
- C quiral (nomenclatura R/S) y E/Z para isomería geométrica en alquenos, los descriptores R/S permiten indicar en un compuesto orgánico la configuración (la disposición espacial de los sustituyentes) de un carbono o centro quiral, estereocentro o centro estereogénico, que es el caso de un átomo de carbono con cuatro sustituyentes diferentes. Se añade R o S entre paréntesis como prefijo delante del nombre de la molécula orgánica. En caso de ser más de uno el centro estereogénico, separados por coma se indica el descriptor R o S de cada uno, precedido del número o localizador que identifica su posición.
- Invertir R/S, para cambiar la quiralidad.
- Nomenclatura E/Z en Alquenos, el sistema tradicional para nombrar los isómeros geométricos de un alqueno, en el que los mismos grupos están dispuestos de manera diferente, es nombrarlos como cis o trans. Sin embargo, es fácil encontrar ejemplos donde el sistema cis-trans no se aplica fácilmente.
- N electrones, O electrones y S electrones, para ver los electrones libres del nitrógeno, oxígeno y azufre.
- C primario, C secundario, C terciario, C cuaternario, identifica la clasificación de los átomos de carbono.
- Dadores y aceptores de puentes de hidrógeno, señala los átomos que pueden dar o aceptar puentes de hidrógeno
- Botón 2D, cuando escoge el botón 2D, la aplicación tiene su propio menú y quedan inhabilitados todos los botones 3D.
Lípidos
Una clase muy especial de ácidos grasos son las prostaglandinas. Las prostaglandinas (PG) son ácidos grasos de 20 átomos de carbono que poseen un anillo de ciclopentano. Obtuvieron su nombre de la fuente inicial de estos compuestos, la glándula prostática. Actualmente se sabe que están distribuidas en todo el cuerpo.
Las prostaglandinas (PG) se consideran derivados de un hipotético (no existe como tal en la naturaleza), de 20 átomos de C, con un anillo pentagonal entre los carbonos 8 y 12.
Existen varias familias de PG, que se denominan con una letra adicional (PGA, PGB, PGC, PGD, PGE, PGF, etc), en función de los sustituyentes del anillo ciclopentano de su estructura. A menudo, la letra mayúscula va seguida de un subíndice que indica el número de dobles enlaces presentes en la molécula, sin incluir el anillo.
Se conocen unas 20 PG, cuya función es la de regular la acción hormonal. Las PGE y PGF provocan la contracción de la musculatura lisa, en especial en el aparato reproductivo, de ahí que sean utilizadas para inducir el aborto.
La PGI2 (también llamada prostaciclina) es un vasodilatador que actúa principalmente sobre las arterias coronarias y que impide la agregación plaquetaria. Las PGG y PGH son mediadores de la reacción inflamatoria. Compuestos como el ácido acetilsalicílico (aspirina) y los glucocorticoides ( cortisol — hidrocortisona— , dexametasona) inhiben la síntesis de estas PG, y de ahí sus efectos antiinflamatorios.
En las prostaglandinas los cinco átomos de carbono centrales en la cadena forman un ciclo, que aparece sustituido por una o varias funciones oxigenadas. La naturaleza de este ciclo determina las distintas clases de prostaglandinas. Así, la Prostaglandina E tiene en el ciclo una función ceto -C=O y una función hidroxi -OH, mientras que la Prostaglandina F2α presenta dos funciones hidroxi.
Las prostaglandinas alteran la actividad de las hormonas, lo que las convierte en un grupo de compuestos biológicamente activo que elevan la temperatura corporal, inhiben la secreción de jugos gástricos, afectan el balance electrolítico y del agua, intensifican el dolor, incrementan la respuesta a la inflamación, e incrementan el flujo sanguíneo. Algunas drogas que contienen prostaglandinas se han utilizado para el control de problemas de circulación y de riñones . La actividad biológica de la aspirina proviene de la inhibición de la síntesis de prostaglandina.
En marzo de 2012 un grupo de científicos norteamericanos reportaron el descubrimiento de que aparentemente la prostaglandina D sintasa es una enzima que desencadena la calvicie masculina de acuerdo a un artículo publicado en la revista Science Translational Medicine. De acuerdo a este grupo de investigadores, los niveles de esta enzima se encuentran elevados en las células de los folículos pilosos localizados en las zonas calvas del cuero cabelludo, pero no en las áreas con pelo. La investigación podría conducir al desarrollo de un medicamento para el tratamiento de la calvicie.
La prostaglandina-D sintasa es una enzima que cataliza la siguiente reacción química:
Aborto con prostaglandinas
Las drogas que contienen prostaglandinas se han utilizado para inducir abortos y también se han probado como drogas anticonceptivas que se toman una vez por mes. Esta forma más reciente de practicar el aborto, sobre todo durante la segunda parte del embarazo, utiliza unos productos químicos que hacen que el útero se contraiga fuertemente expulsando el bebé. Las contracciones son tan anormalmente intensas que se ha dado el caso de criaturas decapitadas por su efecto. Sin embargo, muchos de estos niños también han nacido vivos. Los efectos secundarios sobre la madre son numerosos (ciertas mujeres fallecieron por paro cardiaco al inyectárseles estas sustancias).