[name]
Usted puede agregar una serie de instrucciones en la caja de ingreso de texto para hacer modificaciones en el modelo molecular.
Ejemplo
A continuación aparece un ejemplo de una instrucción.
not backbone or .CA or (PRO and .N)
Lenguaje
Palabras clave
- *all*, *
- *sidechain*
- *sidechainAttached*
- *backbone*
- *protein*
- *nucleic*
- *rna*
- *dna*
- *hetero*
- *polymer* (protein or nucleic)
- *water*
- *hydrogen*
- *helix*
- *sheet*
- *turn* (not helix and not sheet)
- *small* (Gly, Ala)
- *nucleophilic* (Ser, Thr, Cys)
- *hydrophobic* (Val, Leu, Ile, Met, Pro)
- *aromatic* (Phe, Tyr, Trp)
- *amid* (Asn, Gln)
- *acidic* (Asp, Glu)
- *basic* (His, Lys, Arg)
- *charged* (Asp, Glu, His, Lys, Arg)
- *polar* (Asp, Glu, His, Lys, Arg, Asn, Gln, Ser, Thr, Tyr)
- *nonpolar* (Ala, Cys, Gly, Ile, Leu, Met, Phe, Pro, Val, Trp)
Expresiones
- residue number: *1*, *2*, *100*
- residue number range: *3-40* (Note that around the dash - no spaces are allowed)
- chain name: :A
- atom name: .CA, .C, .N, ...
- model: /0, /1, ...
- residue name: *ALA*, *GLU*, *SOL*, *DMPC*, ...
- element name: #H, #C, #O, ...
- alternate location: ~A, ~B, ... or ~ for non-alternate location atoms
Algunas de estas expresiones pueden ser combinadas (en este orden) - residue number (range), chain name, atom name, model - de la siguiente manera
10-20:A.CA/0 # select C-alpha atoms of residues 10 to 20 from chain A in model 0
que se puede expresar también como
10-20 and :A and .CA and /0
Se puede utilizar expresiones simples mientras se mantenga un orden, ejemplo
:A/0 # select chain A from model 0
Operadores lógicos
Adicionalmente, también se puede utilizar paréntesis *()* para agrupar:
:A and ( 1 or 10 or 100 ) # select residues 1, 10 and 100 from chain A